Introdução à Programação para Bioinformática com Python

Aprenda programação com a linguagem Python para manipulação de dados biológicos e pesquisas científicas

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Created byDiego Mariano, Ph.D., Alfahelix Treinamentos

Last updated 11/2021

Portuguese

What you'll learn

Compreender conceitos de Bioinformática
Manipular sequências de DNA e proteína
Construir o primeiro programa de computador
Desenvolver scripts na linguagem de programação Python
Alinhar sequências usando BLAST
Modelar proteínas
Biblioteca Biopython

Coding Exercises

This course includes our updated coding exercises so you can practice your skills as you learn.

Course content

8 sections • 107 lectures • 8h 12m total length

Boas-vindas5:16
Apresentação1:47
Por que programar para a Bioinformática?0:55
O que é Bioinformática14:47

Introdução ao Python5:38
Instalando Python no Windows0:42
Resolvendo problemas na instalação do Python0:27
Google Colab (ambiente para desenvolvimento alternativo)4:19
Comentários4:14
Meu primeiro programa
Variáveis e tipos de dados7:23
Operadores4:00
Soma simples
Operadores relacionais3:39
O que são estruturas condicionais?0:38
Comandos condicionais4:59
Comando else1:47
Comando elif5:12
O que são estruturas de repetição?0:20
Laços de repetição3:40
Comando for2:55
Comando for e range1:21
Questionário 2: Python básico
Comando input0:08
Aviso - Lista de exercícios1:11
Lista de exercícios 10:21
Idade
Atenção: diferenças de versão (Python 2 x Python 3)0:44
Exercício 1.1: Verificando a idade2:11
Média
Exercício 1.2: Cálculo de média4:07
Exercício 1.3: Equação de segundo grau5:12
Exercício 1.4: Ordenação de listas8:40
Exercício 1.5: Construindo uma calculadora5:53

O que são listas?0:10
Listas parte 17:40
Listas parte 23:28
Dicionários4:34
Strings parte 16:57
Funções5:20
Manipulando arquivos7:46
Expressões regulares21:49
Introdução à orientação a objetos0:15
Tratamento de exceções2:26
Números aleatórios2:16
Modularização24:01
Questionário 3: Python intermediário
Aviso - Lista de exercícios1:11
Lista de exercícios 20:33
Exercício 2.1: Comparação de sequências5:40
Exercício 2.2: Lendo arquivos3:49
Exercício 2.3: Salvando sequências no formato FASTA2:21
Exercício 2.4: Funções6:17
Exercício 2.5: Salvando arquivos FASTA em dicionários6:26

Bio-Linux3:49
Bancos de dados biológicos12:54
O que são pipelines?5:43
Pipelines: executando programas externos usando Python9:18
Modelagem de proteínas por homologia9:06
Instalando MODELLER no Linux3:51
Registrando o MODELLER2:09
Alinhamento de sequências7:58
Programação dinâmica aplicada a alinhamentos de sequências14:43
Prática - Alinhamento de sequências6:58
Prática - BLAST por linha de comando14:18
Prática - Alinhamentos múltiplos com Clustal W2:33
Prática - Modelagem de proteínas por homologia parte 1: definindo template6:45
Material - Aula de modelagem de proteínas0:09
Prática - Modelagem de proteínas por homologia parte 2: alinhamento7:22
Prática - Modelagem de proteínas por homologia parte 3: corrigindo alinhamento4:01
Prática - Modelagem de proteínas por homologia parte 3: usando MODELLER7:12
Prática - Modelagem de proteínas por homologia parte 4: validando modelos9:50
Questionário 5: Pipelines para Bioinformática
Aviso - Lista de exercícios1:11
Lista de exercícios 30:19
Exercício 3.1: Definindo o template (parte 1)10:15
Exercício 3.1: Definindo o template (parte 2)2:53
Exercício 3.1: Definindo o template (parte 3)5:54
Exercício 3.2: Executando alinhamento (parte 1)11:21
Exercício 3.2: Executando alinhamento (parte 2)7:47
Exercício 3.2: Executando alinhamento (parte 3)5:54
Exercício 3.2: Executando alinhamento (parte 4)6:56
Exercício 3.2: Executando alinhamento (parte 5)2:29
Exercício 3.3: Modelagem por homologia7:17
Exercício 3.4: Definindo o melhor modelo11:08
Exercício 3.5: Criando um pipeline automático para modelagem de proteínas1:14
Encerramento1:50

Requirements

Não é necessário nenhum conhecimento básico

Description

Bem-vindos ao curso "Introdução à Programação para Bioinformática com Python". Neste curso aprenderemos os básicos da programação para construção de programas para bioinformática. Aprenderemos também a criação de pipelines usando Python. Esse curso é ideal para alunos que estão começando na área da bioinformática e que não tenham um prévio conhecimento de programação.

Who this course is for:

Qualquer aluno que deseja aprender sobre programação para bioinformática

Introdução à Programação para Bioinformática com Python

What you'll learn

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Coding Exercises

Course content

Introdução4 lectures • 23min

Introdução à computação3 lectures • 7min

Python básico25 lectures • 1hr 20min

Python intermediário19 lectures • 1hr 53min

Python avançado8 lectures • 19min

Biopython10 lectures • 26min

Visualização de dados para Bioinformática6 lectures • 20min

Construção de pipelines para Bioinformática32 lectures • 3hr 25min

Requirements

Description

Who this course is for: