Curso de Bioinformática com Biopython

Aprendendo Bioinformática com Biopython
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  • Lectures 50
  • Length 4 hours
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  • Languages Portuguese
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About This Course

Published 3/2016 Portuguese

Course Description

No Curso de Bioinformática com Biopython você terá contato com uma área fascinante que é a Bioinformática. Iremos utilizar a linguagem de programação Python para resolver problemas de Bioinformática.

Por que a linguagem Python? Python é uma linguagem fácil de aprender, possui uma curva de aprendizado bem interessante, você escreve pouco dentre outras características que a tornam uma excelente linguagem para abordar problemas de Bioinformática.

Biopython é uma biblioteca que nos ajuda a resolver problemas de Bioinformática e Biologia Computacional. Biopython possui várias estruturas e algoritmos implementados bem como uma série de outros recursos que nos permitem focar mais na lógica da resolução do problema.

What are the requirements?

  • Não é necessário conhecimento prévio.

What am I going to get from this course?

  • Aprender a linguagem de programação Python.
  • Aprender sobre Bioinformática.
  • Aprender sobre a biblioteca Biopython.
  • Utilizar Biopython para resolver problemas de Bioinformática.

What is the target audience?

  • Todos podem participar desse curso.

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Curriculum

Section 1: Conhecendo a linguagem Python
05:47

Nessa aula iremos preparar o ambiente para começarmos a programar em Python.

03:57

Começando a programar em Python.

03:07

Nessa aula iremos saber como comentar nossos códigos.

01:59

Nessa aula iremos conhecer os operadores matemáticos.

01:29

Nessa aula iremos conhecer os operadores relacionais.

02:03

Nessa aula iremos conhecer os operadores lógicos.

08:08

Nessa aula iremos conhecer o comando condicional if.

04:51

Nessa aula iremos aprender a criar um laço (loop) utilizando o comando while.

03:27

Nessa aula iremos aprender a criar um laço utilizando o comando for.

5 questions

Exercícios sobre os assuntos vistos até o momento.

09:30

Nessa aula iremos conhecer as listas.

02:06

Nessa aula iremos conhecer as tuplas.

02:29

Nessa aula iremos conhecer os dicionários.

03:43

Nessa aula iremos conhecer os conjuntos.

3 questions

Exercícios sobre os assuntos vistos até o momento.

03:44

Nessa aula aprenderemos a criar funções.

02:24

Nessa aula iremos conhecer os parâmetros opcionais.

02:37

Nessa aula iremos criar nossos próprios módulos.

1 question

Exercícios sobre os assuntos vistos até o momento.

05:15

Nessa aula iremos criar nossas próprias classes.

07:45

Nessa aula iremos manipular strings.

2 questions

Exercícios sobre os assuntos vistos até o momento.

Section 2: Bioinformática
06:17

Nessa aula daremos início ao estudo de Bioinformática.

04:46

Nessa aula iremos saber um pouco mais da importância da Bioinformática.

18:02

Nessa aula iremos falar um pouco sobre Biologia Molecular.

03:21

Nessa aula iremos conhecer algumas ferramentas para Bioinformática.

4 questions

Exercícios sobre Bioinformática.

Section 3: Biopython
01:54

Instalando a biblioteca Biopython.

01:58

Nessa aula iremos fazer o nosso Hello World com Biopython.

02:06

Nessa aula iremos aprender sobre sequências complementares e reverso complementares.

02:49

Nessa aula iremos aprender sobre transcrição.

04:25

Nessa aula iremos aprender sobre tradução.

01:41

Nessa aula iremos manipular sequências.

02:25

Nessa aula iremos aprender a ler arquivos FASTA.

02:05

Nessa aula iremos aprender a gerar arquivos FASTA.

05:02

Nessa aula iremos conhecer os arquivos GenBank.

01:05

Convertendo arquivos GenBank para FASTA.

07:32

Nessa aula iremos acessar o BLAST remotamente.

02:53

Nessa aula iremos acessar o BLAST localmente.

03:02

Nessa aula iremos conhecer os arquivos PDB (Protein Data Bank).

03:38

Nessa aula iremos conhecer os arquivos FASTQ.

04:38

Nessa aula iremos converter um arquivo FASTQ para FASTA.

02:19

Nessa aula iremos gerar arquivos FASTA com SeqRecord.

04:22

Nessa aula nós iremos ordenar arquivos Multi-FASTA.

06:52

Nessa aula iremos ver como fazer o alinhamento de duas sequências (pairwise).

07:45

Nessa aula iremos aprender a visualizar dados com pylab.

04:13

Nessa aula iremos visualizar dados com pylab. Essa aula é em inglês e português. Em inglês como forma de homenagear os alunos estrangeiros.

11:39

Nessa aula iremos conhecer Bioinformática de uma forma mais geral mostrando as suas potencialidades.

11:17

Nessa aula iremos conhecer a árvore Trie.

04:33

Nessa aula nós iremos utilizar uma árvore Trie com Biopython.

13:34

Nessa aula iremos aprender o básico da teoria sobre algoritmos genéticos.

13:26

Nessa aula iremos utilizar algoritmos genéticos com Biopython.

08:04

Nessa aula iremos ver a teoria do KNN (algoritmo de classificação baseado na regra dos K vizinhos mais próximos).

04:00

Nessa aula iremos implementar o KNN utilizando Biopython.

7 questions

Exercícios sobre os assuntos vistos até o momento.

Section 4: Considerações finais
04:27

Considerações finais sobre o curso, obrigado!!

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Instructor Biography

Olá, meu nome é Marcos Castro e eu amo compartilhar conhecimento!

A minha formação é em Ciência da Computação. Além da computação, me interesso por educação a distância, empreendedorismo, marketing digital, inteligência artificial, ciência de dados e muito mais.

Elaborei mais de 30 cursos, tenho mais de 10 mil alunos espalhados por mais de 70 países. Acredito que a educação pode transformar as pessoas contribuindo para um mundo melhor!

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