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This course includes:

  • 8 hours on-demand video
  • 22 articles
  • 19 downloadable resources
  • 4 coding exercises
  • Full lifetime access
  • Access on mobile and TV
Development Programming Languages Python

Introdução à Programação para Bioinformática com Python

Aprenda programação com a linguagem Python para manipulação de dados biológicos e pesquisas científicas
Rating: 4.4 out of 54.4 (1,792 ratings)
80,813 students
Created by Diego Mariano, Ph.D., Alfahelix Treinamentos
Last updated 9/2020
Portuguese
Portuguese [Auto]
30-Day Money-Back Guarantee

What you'll learn

  • Compreender conceitos de Bioinformática
  • Manipular sequências de DNA e proteína
  • Construir o primeiro programa de computador
  • Desenvolver scripts na linguagem de programação Python
  • Alinhar sequências usando BLAST
  • Modelar proteínas
  • Biblioteca Biopython

Course content

8 sections • 107 lectures • 8h 12m total length

  • Preview05:16
  • Preview01:47
  • Por que programar para a Bioinformática?
    00:55
  • Preview14:47

  • O que são programas de computadores?
    00:34
  • Preview05:26
  • Conceitos básicos de computação
    00:34
  • Questionário 1: introdução à computação
    2 questions

  • Preview05:38
  • Instalando Python
    00:42
  • Resolvendo problemas na instalação do Python
    00:27
  • Preview04:19
  • Comentários
    04:14
  • Meu primeiro programa
    1 question
  • Variáveis e tipos de dados
    07:23
  • Operadores
    04:00
  • Soma simples
    1 question
  • Operadores relacionais
    03:39
  • O que são estruturas condicionais?
    00:38
  • Preview04:59
  • Comando else
    01:47
  • Comando elif
    05:12
  • O que são estruturas de repetição?
    00:20
  • Laços de repetição
    03:40
  • Comando for
    02:55
  • Comando for e range
    01:21
  • Questionário 2: Python básico
    2 questions
  • Comando input
    00:08
  • Aviso - Lista de exercícios
    01:11
  • Lista de exercícios 1
    00:21
  • AVISO
    00:44
  • Idade
    1 question
  • Exercício 1.1: Verificando a idade
    02:11
  • Média
    1 question
  • Exercício 1.2: Cálculo de média
    04:07
  • Exercício 1.3: Equação de segundo grau
    05:12
  • Exercício 1.4: Ordenação de listas
    08:40
  • Exercício 1.5: Construindo uma calculadora
    05:53

  • O que são listas?
    00:10
  • Listas parte 1
    07:40
  • Listas parte 2
    03:28
  • Dicionários
    04:34
  • Strings parte 1
    06:57
  • Funções
    05:20
  • Manipulando arquivos
    07:46
  • Expressões regulares
    21:49
  • Preview00:15
  • Tratamento de exceções
    02:26
  • Números aleatórios
    02:16
  • Modularização
    24:01
  • Questionário 3: Python intermediário
    2 questions
  • Aviso - Lista de exercícios
    01:11
  • Lista de exercícios 2
    00:33
  • Exercício 2.1: Comparação de sequências
    05:40
  • Exercício 2.2: Lendo arquivos
    03:49
  • Exercício 2.3: Salvando sequências no formato FASTA
    02:21
  • Exercício 2.4: Funções
    06:17
  • Exercício 2.5: Salvando arquivos FASTA em dicionários
    06:26

  • Introdução
    00:02
  • Preview04:06
  • Enumerate
    02:18
  • Filter
    02:21
  • Reduce
    02:25
  • Preview03:13
  • Lambda
    01:46
  • zip
    02:53
  • Python avançado
    5 questions

  • O que é Biopython?
    02:43
  • Instalando Biopython
    00:22
  • Declarando sequências com Biopython
    01:53
  • Complementar e reverso complementar
    02:32
  • Transcrição
    00:07
  • Transcrição com Biopython
    01:42
  • Tradução
    00:06
  • Tradução com Biopython
    02:20
  • Analisando arquivos FASTA
    02:33
  • Estruturas de proteínas com Biopython
    11:54
  • Questionário 4: Biopython
    2 questions

  • Visualização de dados
    00:06
  • Estudo de caso: comparando sequências de RNA ribossomal entre humanos e bactéria
    00:33
  • Preview01:43
  • Criando o script
    06:00
  • Contando dinucleotídeos
    07:28
  • Gerando a visualização
    03:53

  • Bio-Linux
    03:49
  • Bancos de dados biológicos
    12:54
  • O que são pipelines?
    05:43
  • Pipelines: executando programas externos usando Python
    09:18
  • Modelagem de proteínas por homologia
    09:06
  • Instalando MODELLER no Linux
    03:51
  • Registrando o MODELLER
    02:09
  • Alinhamento de sequências
    07:58
  • Programação dinâmica aplicada a alinhamentos de sequências
    14:43
  • Prática - Alinhamento de sequências
    06:58
  • Prática - BLAST por linha de comando
    14:18
  • Prática - Alinhamentos múltiplos com Clustal W
    02:33
  • Prática - Modelagem de proteínas por homologia parte 1: definindo template
    06:45
  • Material - Aula de modelagem de proteínas
    00:09
  • Prática - Modelagem de proteínas por homologia parte 2: alinhamento
    07:22
  • Prática - Modelagem de proteínas por homologia parte 3: corrigindo alinhamento
    04:01
  • Prática - Modelagem de proteínas por homologia parte 3: usando MODELLER
    07:12
  • Prática - Modelagem de proteínas por homologia parte 4: validando modelos
    09:50
  • Questionário 5: Pipelines para Bioinformática
    2 questions
  • Aviso - Lista de exercícios
    01:11
  • Lista de exercícios 3
    00:19
  • Exercício 3.1: Definindo o template (parte 1)
    10:15
  • Exercício 3.1: Definindo o template (parte 2)
    02:53
  • Exercício 3.1: Definindo o template (parte 3)
    05:54
  • Exercício 3.2: Executando alinhamento (parte 1)
    11:21
  • Exercício 3.2: Executando alinhamento (parte 2)
    07:47
  • Exercício 3.2: Executando alinhamento (parte 3)
    05:54
  • Exercício 3.2: Executando alinhamento (parte 4)
    06:56
  • Exercício 3.2: Executando alinhamento (parte 5)
    02:29
  • Exercício 3.3: Modelagem por homologia
    07:17
  • Exercício 3.4: Definindo o melhor modelo
    11:08
  • Exercício 3.5: Criando um pipeline automático para modelagem de proteínas
    01:14
  • Encerramento
    01:50

Requirements

  • Não é necessário nenhum conhecimento básico

Description

Bem-vindos ao curso "Introdução à Programação para Bioinformática com Python". Neste curso aprenderemos os básicos da programação para construção de programas para bioinformática. Aprenderemos também a criação de pipelines usando Python. Esse curso é ideal para alunos que estão começando na área da bioinformática e que não tenham um prévio conhecimento de programação.

Who this course is for:

  • Qualquer aluno que deseja aprender sobre programação para bioinformática

Instructors

Diego Mariano, Ph.D.
Cientista de Dados e Doutor em Bioinformática
Diego Mariano, Ph.D.
  • 4.5 Instructor Rating
  • 119,991 Reviews
  • 622,990 Students
  • 36 Courses

Diego Mariano é analista de sistemas, pesquisador e professor de programação, banco de dados e bioinformática.

Doutor em Bioinformática pela Universidade Federal de Minas Gerais com atuação na área de ciência de dados e aprendizado de máquina aplicados ao aperfeiçoamento de enzimas usadas na produção de biocombustíveis. Mestre em Bioinformática, também pela UFMG, atuando na área de desenvolvimento de sistemas Web para montagem de genomas. Atualmente realiza estágio pós-doutoral no Departamento de Ciência da Computação da UFMG com foco em desenvolvimento de sistemas Web para Bioinformática, análise exploratória e visualização de dados. Tem conhecimentos nas linguagens: PHP, JavaScript, Python, R, Perl, HTML, CSS e SQL.

***

English: Diego Mariano is a systems analyst and instructor of online courses about Programming Languages, Database Management Systems, and Bioinformatics (some courses are free). He is a postdoctoral researcher at the Federal University of Minas Gerais and a Professional Degree student at HarvardX. Also, he has majored in Information Systems and he has a master's degree and a Ph.D. in Bioinformatics.

***

Español: Dr. Diego Mariano es analista de sistemas, investigador y docente de cursos en línea sobre lenguajes de programación, bases de datos y bioinformática (algunos cursos son gratuitos). Actualmente es post-doc de la Universidad Federal de Minas Gerais y estudiante de grado profesional en HarvardX. Además, se graduó en sistemas de información y tiene una maestría en bioinformática.

Alfahelix Treinamentos
Escola especializada de profissionais altamente qualificados
Alfahelix Treinamentos
  • 4.5 Instructor Rating
  • 30,448 Reviews
  • 184,652 Students
  • 14 Courses

Somos uma escola de computação com profissionais altamente qualificados. Promovemos cursos rápidos, práticos e de alta qualidade. Nossos profissionais possuem graduação, mestrado ou doutorado.

Nossa missão é proporcionar educação de qualidade em computação e bioinformática. Temos profissionais com conhecimentos nos seguintes temas:

- Programação Web

- HTML/CSS

- JavaScript

- PHP

- Python

- Perl

- Bancos de dados (MySQL)

- Android

- Bioinformática


Alfahelix é um projeto de Diego Mariano e Pedro Martins. Se você tem interesse em se unir ao projeto, por favor visite nosso Website.

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